هر بستر کشت برای خود محدودیت ومعایبی دارد که لازم است در این خصوص اطلاعات بیشتری داشته باشیم .
۱- قیمت بالای کوکوپیت:
کوکوپیت نسبت به باقی خاکها قیمت بالاتری دارد ودر کل با وجود ارزبری بودن و وارداتی بودن آن ماده گرانی محسوب می شود .
۲- کمبود مواد غذایی کوکوپیت :
نداشتن مواد غذایی از معایب دیگر کوکوپیت می باشد برای رفع کمبود مواد غذایی کوکوپیت باید از مواد مغذیی بوسیله کود مایع ویا سایر م با آب شور حل.لهای تقویتی استفاده نمود . البته کوکوپیت بدلیل اینکه آب را بخوبی جذب می کند نمی گذارد مواد معدنی وغذایی از این خاک خارج شود .
بدلیل کمبود مواد غذایی مناسب بذر وقلمه است .بدلیل اینکه گیاه در این مرحله نیازی به مواد غذایی ندارد و با شروع رشد گیاه به مواد غذایی احتیاج پیدا می کند
۳- احتمال داشتن ECیا نمک بالا:
به هنگام خرید کوکوپیت دقت شود که ec ویا نمک خاک بالا نباشد که بدلیل فرایند تولید کوکوپیت با آب شور می شود .
۴- پاکسازی کوکوپیت با مواد شیمیایی :
برای تهیه کوکوپیت وفرایند تولید آن الیاف نارگیل را با مواد شیمیایی تمییز می کنند . این عمل کمک می کند تا خاک دچار بیماری افت وباکتری وقارچی نشود
برای خرید به این موارد هم دقت شود .
۵- حبس کلسیم آهن منیزیم در کوکوپیت :
به دلیل تبادلات یونی کوکوپیت تبادل یونی بالایی داشته ومواد غذایی مورد نیاز خود را ذخیره ویا خارج می کند در این هنگام ممکن است احتباس کلسیم آهن ویا منیزیم صورت پذیرد .